Obszar Natura 2000 to obszar specjalnej ochrony ptaków, specjalny obszar ochrony siedlisk lub obszar mający znaczenie dla Wspólnoty, utworzony w celu ochrony populacji dziko występujących ptaków lub siedlisk przyrodniczych lub gatunków roślin i zwierząt, będących przedmiotem zainteresowania Wspólnot Europejskich.

Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:

• Obszar specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków,
• Specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze, gatunki roślin i zwierząt.

Teren Nadleśnictwa Łupawa położony jest w zasięgu następujących obszarów NATURA 2000:

• „Dolina Łupawy” (PLH220036) – obszar Natura 2000 o powierzchni 5508,63 ha został zatwierdzony jako obszar mający znaczenie dla Wspólnoty decyzją Komisji Europejskiej z dnia 12 grudnia 2008r., przyjmująca na mocy dyrektywy Rady 92/43/EWG drugi zaktualizowany wykaz terenów mający znaczenie dla Wspólnoty składający się na kontynentalny region biogeograficzny (2009/93/WE).  Zarządzeniem Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Gdańsku z dnia 4 grudnia 2019 r. ustanowiono plan zadań ochronnych dla obszaru Natura 2000 Dolina Łupawy PLH220036 na okres 10 lat.

W granicach obszaru występują: naturalne, głębokie koryta rzeczne Łupawy i Bukowiny, źródliska i niewielkie potoki (dopływy), rozległe obszary łęgu o podgórskim charakterze Carici remotae-Fraxinetum na zboczach doliny, jak również grądy dębowo-grabowe Stellario-Carpinetumw wielu wąwozach oraz buczyny Luzulo-Fagetum i Asperulo-Fagetum,podmokłe łąki, torfowiska przejściowe i wysokie oraz dystroficzne jeziora w bezodpływowych obszarach.

W zarządzie Nadleśnictwa obszar obejmuje 1205,79 ha.

  „Dolina Słupi”(PLH220052)  – obszar Natura 2000 o powierzchni 6981,48 ha, który został wskazany do włączenia do sieci na Seminarium Biogeograficznym w kwietniu 2010 r. i zatwierdzony jako obszar mający znaczenie dla Wspólnoty decyzją wykonawczą Komisji Europejskiej z dnia 07 listopada 2013 roku, w sprawie przyjęcia siódmego zaktualizowanego wykazu terenów mających znaczenie dla wspólnoty składających się na kontynentalny region biogeograficzny. (2013/741/UE). Zarządzeniem Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Gdańsku z dnia 19 września 2024 r. ustanowiono plan zadań ochronnych dla obszaru Natura 2000 Dolina Słupi PLH220052 na okres 10 lat.

     Obszar obejmuje dolinę rzeki Słupi z jej dopływami, od Sulęczyna - do ujścia. Na tym terenie znajdują się liczne zbiorniki wodne, torfowiska i inne zbiorowiska z cenną roślinnością. Znaczną część obszaru pokrywają lasy z udziałem buczyn, grądu oraz łęgu. Na wąskim obszarze doliny Słupi i dolin jej dopływów, skumulowane są cenne siedliska przyrodnicze oraz stanowiska rzadkich, zagrożonych wyginięciem gatunków. Centralna część obszaru znajduje się w granicach Parku Krajobrazowego Doliny Słupi.

    W zarządzie Nadleśnictwa obszar obejmuje 278,71 ha.

„Dolina Słupi”(PLB220002)  – obszar Natura 2000 o powierzchni 37 471,84 ha, którego aktualne granice określa Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 12 stycznia 2011 roku, w sprawie obszarów specjalnej ochrony ptaków (Dz.U.2011.25.133 z dnia 2011.02.04).             Zarządzeniem Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Gdańsku z dnia 21 stycznia 2020 r. ustanowiono plan zadań ochronnych dla obszaru Natura 2000 Dolina Słupi PLB220002 na okres 10 lat.

Granice obszaru w dużej części pokrywają się z zasięgiem Parku Krajobrazowego „Dolina Słupi”. Obszar obejmuje dorzecze środkowego odcinka rzeki Słupi oraz jej dopływów: Jutrzenki, Bytowej i Skotawy. Charakteryzuje się on urozmaiconym krajobrazem polodowcowym z jeziorami rynnowymi i wytopiskowymi, równinami sandrowymi oraz wzgórzami moren czołowych. Krajobraz zróżnicowany z licznie występującymi wąwozami i wzgórzami.

W zarządzie Nadleśnictwa obszar obejmuje 1855,19 ha.